1. Lãnh đạo Sở: Giám đốc và các Phó Giám đốc.
2. Các phòng và tương đương thuộc Sở:
a) Văn phòng.
b) Phòng Tổ chức cán bộ.
c) Phòng Kế hoạch - Tài chính
d) Phòng Địa chất, Khoáng sản và Tài nguyên nước.
3. Chi cục thuộc Sở:
a) Chi cục Quản lý đất đai.
b) Chi cục Bảo vệ môi trường.
c) Chi cục Thuỷ lợi;
d) Chi cục Kiểm Lâm;
đ) Chi cục Phát triển nông thôn và Quản lý chất lượng;
e) Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật;
g) Chi cục Chăn nuôi, Thú y và Thuỷ sản;
4. Các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở:
a) Trung tâm Khuyến nông.
b) Trung tâm Nước sạch nông thôn.
c) Văn phòng Đăng ký đất đai.
d) Trung tâm Kỹ thuật Tài nguyên và Môi trường.
đ) Trung tâm Thuỷ sản.
e) Ban Quản lý khai thác công trình thuỷ lợi Tuyên Quang.
h) Trung tâm Khoa học Nông nghiệp và Môi trường.
5. Văn phòng Điều phối Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới tỉnh Tuyên Quang.
6. Quỹ Bảo vệ và Phát triển rừng.
